Hay una muy buena lista de aplicaciones que puedes cargar a tu memoria USB flash desde el sitio de U3 (el método estándar de compresión para correr aplicaciones desde las memorias USB flash), pero no están todas las aplicaciones y seguramente tendrás alguna que quisieras hacer portable. PackageFactory es un programita para Windows que te puede ayudar a hacer portable casi cualquier aplicación. El casi radica en que entre más sea dependiente el programa de las entradas de registro que crea para correr, más complicado...