Una de las opciones más interesantes que presentó Google al lanzar Chrome fue la de la navegación en modo incógnito. Cuando se está navegando bajo esa funcionalidad, el navegador no almacenará contraseñas, historial de navegación ni cookies.
Michael T. Bee, un programador, ha lanzado un pequeño script que nos permite ejecutar Google Chrome siempre en modo Incógnito por defecto. De esta manera no tendremos que abrir primero una ventana, abrir el modo Incógnito, y cerrar la ventana anterior, ya que el script se encargará de automatizar el proceso.
En el enlace que se encuentra al pie de este artículo están las instrucciones para poder ejecutar el script. Primero tendrás que copiar el código y guardarlo en un archivo .js. Luego, sólo tendrás que hacerle doble clic para que se abra una ventana, se abra una incógnito, y se cierre la primera.
Enlace: Google Chrome Incognito | Vía: Lifehacker
Si en el apartado destino del acceso directo de chrome le añades —incognito ya te lo abre directamente en modo incognito sin necesidad de scripts ni cosas raras
Modificando unas entradas del registro puedes hacer que incluso en los links que lanzan el navegador Chrome se abra en modo incógnito. Espero que os sea útil http://imojito.com/blog/chrome-incognito-click-enlace.html