Skim es una aplicación libre para Mac OS X con la que podemos leer documentos PDF y realizar anotaciones sobre los mismos.
Subrayar, tachar, hacer círculos o destacar el texto en diferentes colores son operaciones que solemos hacer sobre el papel para resaltar las partes importantes de los documentos. Gracias a aplicaciones como Skim podemos realizar estas mismas acciones sobre documentos electrónicos.
Además, ventajas de utilizar las nuevas tecnologías: leer los documentos a pantalla completa, ver una lista de los enlaces web que incluye el documento, una herramienta de lupa para ampliar el contenido, soporte para Apple Remote Control y Spotlight, un par de paneles laterales que nos muestran la relación de páginas del documento y las anotaciones que hemos realizado, marcadores… y mucho más.



Se lo ve muy interesante que lastima que no sea para Windows
@HotJoint: Para Windows existen aplicaciones similares a Skim. Puedes probar con PDF-XChange Viewer. También tiene posibilidad de resaltar el texto, añadir notas y es gratuito, aunque no es software libre.
http://bitelia.com/2007/06/07/rellena-formularios-pdf-con-pdf-xchange-viewer/